印刷すると点（黒丸）のサイズが大きくなる

実点のサイズは基本設定でコントロールでき、作業中の画面では小さな点に見えていたものを、印刷時にはとても大きな黒丸に見せることができます。

基本設定ダイアログの[色・画面]タブを開きます。
下部にある「実点を指定半径で画面に描画」にチェックを付けます。
するとプリンタ出力 要素の項目の点半径が指定できるようになり、こちらで印刷時の実点サイズをコントロールできます。